Cadophora gregata
Jamur
Disebabkan oleh Phialophora gregata, jamur yang bertahan hidup di sisa-sisa tanaman kedelai. Patogen ini menginfeksi akar kedelai di awal musim, namun tidak muncul gejala pada tanaman hingga polong mulai terisi. Biasanya, vaskular menjadi kecokelatan bersama dengan nekrosis dan klorosis daun. Dalam beberapa kasus, hanya vaskular internal yang berubah menjadi cokelat.
Jaga pH tanah senilai 7 untuk mengurangi risiko busuk batang cokelat.
Fungisida daun tidak berefek pada busuk batang cokelat. Lebih jauh lagi, fungisida untuk perlakuan benih juga tidak berefek karena hanya melindungi bibit tidak akan cukup untuk menghalangi infeksi setelah bahan tersebut hilang.
Patogen busuk batang cokelat bertahan di sisa-sisa tanaman kedelai yang sebelumnya terjajah selama tahap parasitik patogen. Tingkat keparahan penyakit ini tergantung pada udara, lingkungan tanah, dan sistem pengelolaan tanaman. Gejala pada batang dan daun paling parah ketika suhu udara antara 17 dan 27 °C.