Gibberella fujikuroi
Jamur
Bakanae biasanya terjadi berupa penyakit pada bibit tetapi juga bisa ditemukan pada semua tahap pertumbuhan tanaman. Jamur ini menginfeksi tanaman melalui akar atau mahkota dan kemudian tumbuh secara sistemik di dalam tanaman melalui batang. Jika mampu bertahan hidup pada tahap pertama infeksi, bibit akan berkembang menjadi tanaman dengan ukuran tinggi yang abnormal (hanya beberapa inci) dengan daun pucat, tipis dan kering, dan dengan anakan yang lebih sedikit. Sisi dalam batang menjadi busuk dan akar-baru berkembang dari ruas atas batang. Bercak coklat muncul pada batang tanaman yang terinfeksi. Jika tanaman mampu bertahan hidup hingga tahap pematangan, bulir yang berkembang akan terisi sebagian, steril, atau kosong. Pada tanaman-tanaman tersebut, daun bendera (daun paling atas) akan terlihat jelas karena tinggi dan arahnya yang lebih horizontal.
Hingga saat ini tidak ada perlakuan hayati yang diketahui terhadap penyakit ini. Air garam dapat digunakan untuk memisahkan benih yang terinfeksi ringan dari yang sehat selama perendaman.
Selalu pertimbangkan pendekatan terpadu berupa tindakan pencegahan bersama dengan perlakuan hayati jika tersedia. Merendam benih dalam larutan fungisida yang mengandung triflumizole, propikonazol, prokloraz (tunggal atau dikombinasikan dengan thiram) selama lima jam telah terbukti bermanfaat. Perlakuan benih dengan natrium hipoklorit (pemutih) juga efektif mengurangi kejadian penyakit ini. Penyemprotan senyawa di atas selama tahap vegetatif sebanyak dua kali dengan interval mingguan juga membantu untuk mengendalikan penyakit.
Bakanae adalah penyakit jamur yang ditularkan melalui benih. Penyakit ini paling sering terjadi ketika menggunakan benih yang terserang (misalnya benih yang tertutup spora jamur), tetapi juga dapat terjadi ketika patogen ada pada bahan tanaman atau di dalam tanah. Jamur menyebar melalui angin atau air yang membawa spora jamur dari satu tanaman ke tanaman lainnya. Bakanae juga dapat ditularkan selama pengerjaan lahan pertanian, seperti memanen tanaman yang terinfeksi yang memungkinkan spora jamur menyebar ke benih yang sehat, dan merendam benih dalam air yang mengandung jamur. Suhu tinggi 30 hingga 35 °C mendukung perkembangan penyakit ini.